شهيد «وارطان آقاخانيان» فرزند ارشد «گابريِل» و «وارتوش» در بهمن سال 1349 در تهران به دنيا آمد. تحصيلات مقطع ابتدايي را در دبستان ارامنه «نائيري» به پايان رساند.
دوره راهنمايي را نيز در مدرسه راهنمايي ارامنه «سوقومونيان» تهران به اتمام رساند. پس از پايان دوره راهنمايي، براي ادامه تحصيل به هنرستان فني «آزادي فلسطين» رفت، ليكن بعد از طي يك سال آموزش، ترك تحصيل نموده و تا زمان رفتن به خدمت سربازي، به فراگيري و سپس كار، در زمينه تراشكاري پرداخت. وي داراي يك برادر و دو خواهر بود. «وارطان» در سن هجده سالگي به خدمت سربازي اعزام گرديد. پس از طي دوره آموزشي، به جبهه هاي جنگ تحميلي منتقل گشته و سر انجام بعد از 9 ماه خدمت مقدس سربازي، بر اثر اصابت تركش توپ ارتش بعثي عراق، قهرمانانه در جزيره «مجنون » جنوبي، واقع در منطقه عملياتي جزيره « خيبر » به شهادت رسيد. پيكر شهيد «وارطان آقاخانيان» پس از انتقال به تهران و انجام مراسم مخصوص مذهبي در كليساي «تارگمانچاتس»، با حضور انبوه بي شماري از خويشاوندان، نزديكان، دوستان و ديگر هموطنان در قطعه شهداي ارمني جنگ تحميلي در تهران به خاك سپرده شد.
گفتني است كه حضرت آيت الله خامنه اي، رهبر فرزانه انقلاب و چند تن از سران وقت ارتش جمهوري اسلامي ايران در منزل شهيد بزرگوار حضور يافته و از والدين شهيد دلجويي نمودند.
شهيد به روايت مادرش:
«… «وارطان» پسر مؤدب و سر به زيري بود و هيچ وقت كاري نكرد كه باعث ناراحتي خانواده خود شود. او علاقه زيادي به كارهاي دستي داشت و با ميل و رغبت فراوان هر آنچه را كه از سوي مدرسه به وي محول ميگرديد، انجام ميداد». به هنگام شهادت «وارطان»، خواهرش سيزده سال بيشتر سن نداشت.
«درس هايش خيلي خوب بود، ولي آخر متوجه نشديم كه علت ترك تحصيل وي چه بود؟ نميدانيم چرا دست از تحصيل برداشت. از لحاظ اخلاقي، كليه اهل محل، دوستان و آشنايان بسيار از او راضي بوده و همه از او به خوبي ياد ميكردند. شهيد «وارطان آقاخانيان» با متانت خاص خود، هيچگاه از سختي هاي جبهه در ميان خانواده سخني نگفت».
منبع: گل مریم ، نوشته ی دکتر آرمان بوداغیانس، نشر تسنیم حیات، با همکاری نشر صریر- 1385